看点：1万2千年前的心愿重逢，揭开了欠缺的心灵之谜。 在湘南的海岸上，有一所名为〈私立江ノ島学園〉的学校，招收全国范围内的优秀学生，为他们提供先进设备的英才教育。被选为特殊强化班学生〈エレメント〉的萨科、利米亚和托什被命令操控运用情感力量的战斗机〈ベクターマシン〉，并不得不面对神秘的侵略兵器〈神话獣〉的进攻。在激烈的战斗中，萨科被一个神秘的幻象引导，他高呼道：“想星合体！GO，Aquarion！”轮回重生之际，出现了机械天翅Aquarion。 这些少年少女背负着命运，他们将在神秘组织〈宇宙たまごの会〉和成年人的算计之间，找到自己的道路。